管辖指人民法院关于受理第一审案件的分工，包括级别上的分工和地域上的分工。
在级别管辖上，第一审行政案件一般均由基层人民法院受理；但鉴于海关行政案件专业性很强、一般又都带有案情重大、复杂的特点，并大多具有涉外因素，为保证人民法院及时准确审理案件，行政诉讼法专门规定，海关处理的案件，由中级人民法院管辖。
在地域管辖上，第一审行政案件由做出原具体行政行为的行政机关的所在地人民法院受理；经复议的案件，复议机关改变原具体行政行为的，也可以由监管议机关所在地人民法院管辖。
就海关行政诉讼案件而言，进出关境活动当事人对哪个海关的具体行政行为不服，就应在哪个海关所在地的中级人民法院起诉；对经过复议的案件，复议机关维持原具体行政行为的，仍以原具体行政行为做出的海关为被告，向该海关所在地人民法院起诉；复议机关改变原具体行政行为的，以复议机关为被告，向复议机关所在地中级人民法院起诉。根据行政诉讼法关于对限制人身自由的行政强制措施不服提起的诉讼，由被告所在地或由原告所在地人民法典院管辖的规定，对海关扣留走私罪嫌疑人的强制措施不服而起诉的，原告人可以选择该被告所在地人民法院，也可以选择原告所在地人民法院起诉。选择该原告所在地人民法院的，由于原告人可能住在遥远的内地而做出扣留行为的海关设在边境口岸，这固然给原告人可能住在遥远的内地而做出扣留行的海关设在边境口岸，这固然给原告人带来了便利，但对海关来说，到遥远的外地出庭应诉则增加了许多工作量，这又促使海关采取行政强制措施时更加慎重。
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